До пятилетнего возраста молодой царевич Алексей оставался на попечении у царских «мам». С пяти лет под надзором Б. И. Морозова он стал учиться грамоте по букварю, затем приступил к чтению Часослова, Псалтыри и Деяний святых апостолов, в семь лет начал обучаться письму, а в девять — церковному пению. С течением времени у ребёнка (11—13 лет) составилась маленькая библиотека; из книг, ему принадлежавших, упоминаются, среди прочего, «Лексикон» и «Грамматика», изданные в Литве, а также «Космография». В числе предметов «детской потехи» будущего царя встречаются: конь и детские латы «немецкого дела», музыкальные инструменты, немецкие карты и «печатные листы» (картинки). Таким образом, наряду с прежними образовательными средствами, заметны и нововведения, которые сделаны были не без прямого влияния Б. И. Морозова. Последний, как известно, одел в первый раз молодого царя с братом и другими детьми в немецкое платье. На 14-м году жизни царевича торжественно «объявили» народу, а в возрасте 16 лет он вступил на московский престол.

Со вступлением на престол царь Алексей стал лицом к лицу с целым рядом вопросов, волновавших русскую жизнь XVII века. Малоподготовленный к разрешению такого рода вопросов, он первоначально прислушивался к мнению бывшего своего дядьки Б. И. Морозова, но вскоре и сам стал принимать самостоятельное участие в делах. В этой деятельности окончательно сложились основные черты его характера. Самодержавный московский царь, судя по его собственным письмам, иностранцев (А. Мейерберга, С. Коллинза, Я. Рейтенфельса, А. Лизека) и отношениям его к окружавшим, обладал замечательно мягким, добродушным характером, был, по словам Г. К. Котошихина, «гораздо тихим». Духовная атмосфера, среди которой жил царь Алексей, его воспитание, характер и чтение церковных книг развили в нём религиозность. По понедельникам, средам и пятницам царь во все посты ничего не пил и не ел, и вообще был ревностным исполнителем церковных обрядов. К почитанию внешнего обряда присоединялось и внутреннее религиозное чувство, которое развивало у царя Алексея христианское смирение. «А мне грешному, — пишет он, — здешняя честь, аки прах». Царское добродушие и смирение иногда, однако, сменялись кратковременными вспышками гнева. Однажды царь, которому пускал кровь немецкий «дохтур», велел боярам испробовать то же средство. Родион Стрешнев не согласился. Царь Алексей собственноручно «смирил» старика, но затем не знал, какими подарками его задобрить.

Вообще царь умел отзываться на чужое горе и радость; замечательны в этом отношении его письма к А. Л. Ордину-Нащокину и князю Н. И. Одоевскому. Мало тёмных сторон можно отметить в характере царя Алексея. Он обладал скорее созерцательной, пассивной, а не практической, активной натурой. Он стоял на перекрёстке между двумя направлениями, старорусским и западническим, примерял их в своём мировоззрении, но не предавался ни тому, ни другому со страстной энергией Петра. Царь был не только умным, но и образованным человеком своего века. Он много читал, писал письма, составил «Уложение сокольничья пути», пробовал писать свои воспоминания о польской войне, упражнялся в версификации (стихосложении). Он был человеком порядка по преимуществу; «делу время и потехе час» (то есть всему своё время) — писал он; или: «без чина же всякая вещь не утвердится и не укрепится».